2004年4月、サンチェス・ファン(Sanchez.Juan)とペドロ(Pedro)の2人の兄弟が、新しいトンネルの掘削中に発見した洞窟で、結晶化した透明な石膏(セレナイト)で覆い尽くされていたため「クリスタルの洞窟」と命名されました。

洞窟はナイカ鉱山の地下240mから300m付近にあり、1985年に大規模なポンプによる地下水のくみ上げが行われた結果、人間が立ち入ることが可能になりました。

洞窟内の温度は常に50度前後、湿度は90～100%に保たれ、断熱服の着用や、冷却材、送風装置などの設置を行わない状態で、洞窟内に侵入したら、10分から15分程度で命を落とすとされています。

洞窟から地下10km程度に存在するマグマ溜りから熱水が吹き上げられ、熱水は、石灰岩の断層を押し上げながら上昇し、地下水を加熱し、また地下水には硫酸カルシウム、金属などを多く含まており、50万年以上の時間をかけ結晶化したと考えられています。

環境保護、盗掘防止、また本来、地下水があったことで維持、安定されていた結晶が崩壊する危険性も高いため、2009年に閉鎖が行われ、ナイカ鉱山を管理、運営するペニョーレス社の許可がない限り、立ち入ることはできません。

また、排水作業などに年間数億円の維持費が必要になるため、今後、再密閉を行い、ポンプの停止が検討されており、ポンプを停止した場合は、水位が上昇するため、立ち入ることができなくなります。